Cumhurbaşkanlığından sanık sandalyesine transfer olan Thaçi, Lahey'de BM'ye bağlı Kosova Özel Mahkemesi'nde görülen ilk duruşmada, muhaliflerin işkenceden geçirilmesi ve öldürülmesi dahil savaş suçu ve insanlığa karşı suç işlemekle itham edildi. Kosova lideri, iddianameyi "Tümüyle temelsiz" diyerek reddetti.