Çeşitli siyasi gündemlerde yaptığı açıklamalar tartışma yaratan Prof. Dr. Mehmet Boynukalın, Ayasofya Baş İmamlığı görevinden istifa ettikten sonra yaptığı açıklamada, "Aldığım kararın bir sebebi ise, 'Ayasofya İmamı konuşuyor da biz niye konuşmayalım' gibi hezeyanlara meydan vermemektir" dedi.